یکی از خواسته های آیت الله خمینی در دوران مبارزاتش برعلیه رژیم شاه، استقلال دانشگاههای ایران بود. انتقاداتی که رهبر سابق جمهوری اسلامی در زمان قبل از انقلاب به نحوه ی اداره و سیاستگذاریهای دانشگاهها وارد می ساخت، اکنون همان انتقادات حتی توسط طیفی از پیروان و همراهانش بر نحوه ی برخورد دولت با دانشگاهها و دانشگاهییان ابراز می شود.
آیت الله خمینی که دانشگاهها را غربزده می پنداشت، از همان بدو انقلاب در راستای اسلامی کردن ـ یا همان چیزی که مدنظرش بود ـ گام برداشت و به همین منظور بود که طرح "انقلاب فرهنگی" به میان آمد. طرحی که از کمونیستهای چینی اقتباس شده بود.